Kluono prototipas greičiausiai buvo kūlimui paruošta plūkto molio aikštelė (padas, asla, grendymas, laidas), kurią vėliau imta dengti stogu, o dar vėliau statyti žemas sienas. Aikštelė buvo plūkiama varinėjant ja galvijus arba kūle. Dar ne taip seniai kai kur kluonu buvo vadinama maža aikštelė prie klojimo, kur per sausras bei gruodą kuldavo javus. Seniausias kluonas yra su jauja (duoba, pirtimi), įrengta kluono gale arba šone. Kad jaujos senovėje buvo plačiai naudojamos, rodo valakų reformos įstatymas, kuriuo buvo siekiama sumažinti jų skaičių.
Seniausio tipo jaujos Lietuvoje buvo žeminės. Tokia jauja (vadinama duoba) dar XX a. pradžioje buvo išlikusi Tauragės apylinkėse. Jauja – duba buvo įrengiama kalvos papėdėje arba upės pakrantėje: iškasama žeminė su šiek tiek nuolaidžiu dugnu į kranto pusę, kad lyjant į vidų patekęs vanduo lengva ištekėtų. Jaujoje iš akmenų sukraunama krosnis, jos paviršius padengimas stambaus , po to smulkaus žvyro sluoksniu. Palubėje virš krosnies išdėliojamos sijos, ant jų – kartelės (ardai), kur džiūdavo javai.
Trečiasis kluonų su jaujomis tipas taip pat būdingas Aukštaitijai. Jis skiriasi nuo antrojo tipo tuo, kad be galinio įvažiavimo jame dar yra ir šoninis įvažiavimas.
Ketvirtojo tipo kluonai su jaujomis yra kryžminio plano, jauja – išsikišusioje patalpoje, esančioje priešais pagrindinį įvažiavimą.
Kluonų sienos dažniausiai buvo renčiamos iš rąstų, suleidžiant juos kampuose į sąsparas, o per vidurį – į šulus, be samanų, kad čia sukrauti javai gerai vėdintųsi. Sienos galėjo būti ir karkasinės, apkaltos lentomis arba išpintos šakomis ar šiaudais.
Žemaičių kluonai yra ilgesni ir siauresni už aukštaičių, su šoniniu įvažiavimu: dažnai jų būna du. Stogai dažniausiai keturšlaičiai gegninės konstrukcijos. Gegnės atremtos į sienas (viduje nėra pėdžių). Pagrindinę patalpą sudaro jauja (pirtis, duoba), paprastai įtaisoma kluono centre arba kuriame nors gale. Iš abiejų arba vieno jaujos šono yra peludės, atitvertos apie 1 m aukščio rentiniai, dažnai gystos lentomis. Viename kluono gale yra plūkta molio asla (klojimas), kitame gale, už jaujos – daržinė. Žemaičių kluono stogas išsikišęs virš durų aukščiau negu aukštaičių ir paremtas stulpeliais. Tai priekluonis, kitaip dar vadinamas palagu arba padanga. Žemaičių kluonų pastogės platesnės negu aukštaičių. Abiejų kluonų tipų riba eina maždaug per Nevėžį ir Nemuno aukštupį.
Suvalkiečių ir Rytprūsių lietuvių kluonai buvo panašūs į žemaičių kluonus.
Kluonų be jaujų konstrukcija mažai kuo skiriasi nuo kluonų su jaujomis. Dažniausiai jie buvo statomi su šoniniu įvažiavimu. Pasiturinčių valstiečių ūkiuose XIX a. antrojoje pusėje paplito kluonai su kiauru pervažiavimu (t. y. su dviem priešpriešiais įrengtomis durimis), virš kurių dalis stogo buvo išlenkiama arba pakeliama. Būdingas turtingųjų valstiečių ir dvarų kluonų požymis – maniežinės (prielapiai), kuriuose įrengimas maniežas arklinėms kuliamosioms sukti.
Senieji kluonai su viena ar dviem pėdžių eilėmis išlaikė archaiškiausius konstrukcijos bruožus. Tokie kluonai išliko ne tik mūsų krašte, bet ir Latvijoje, Skandinavijoje, Gotlando saloje, Danijoje, Lenkijoje, Bavarijoje ir t. t.